La composición de la COTAIA está regulada en el art. 4 del Decreto Foral 7/2025, de 25 de febrero, que establece que estará conformada por: 

1. La Presidencia, que la ostentará la persona titular de la subdirección del AMF.  
2. Vocalías: las personas Responsables Técnicas de Equipo en las Unidades que componen el AMF.
3. Secretaría, que será ocupada por una persona del área administrativa del AMF, designada por la subdirección de dicha área.

En aquellos asuntos cuya especificidad y/o complejidad requiera la concurrencia de especialistas o personas técnicas, estas podrán ser invitadas por la persona que ejerza las funciones de Presidencia, a iniciativa propia o a instancia de algunas de las vocalías de la comisión, careciendo de derecho de voto.