Atendiendo a lo establecido en el art. 17 LIA, cuando cualquier persona profesional de los sistemas educativo, sanitario, policial, justicia juvenil, servicios sociales u otro tenga indicios o conocimiento de una situación de violencia ejercida sobre un NNA o de una posible situación de desprotección hacia él o ella, deberá ponerlo en conocimiento de los Servicios Sociales. Además, cuando pueda resultar amenazada la integridad, la salud o la seguridad del NNA, deberán comunicarlo, de forma inmediata, a la Ertzaintza o a la Policía local, así como al Ministerio Fiscal.

Partiendo de esa premisa, un mismo caso de violencia sexual puede dar lugar a un doble ámbito de intervención:

1.  Proceso judicial.
2.  Proceso de valoración por parte de Servicios Sociales de las necesidades que puede presentar el NNA y su familia.

Con carácter general, y salvo particularidades que quedan detalladas en el correspondiente Protocolo de Actuación Coordinada, cuando un sistema tenga conocimiento, sospecha o evidencia, por primera vez, de una situación de violencia sexual hacia un NNA, o de actos, comportamientos o conductas de naturaleza sexual que les pudieran afectar, actuará de la siguiente forma: 
    
a)    Cuando exista conocimiento, sospecha o evidencia de una situación de violencia sexual a un NNA y todavía no se ha presentado denuncia:

• Los hechos se deben poner inmediatamente en conocimiento de los Servicios Sociales competentes, que derivarán el caso al servicio de atención integral y especializada para que inicie su actuación. 
• Este servicio se encargará de poner el caso en conocimiento de la Fiscalía y de los otros organismos implicados, siempre que esa comunicación no se haya realizado previamente conforme a los artículos 16.3 y 17.3 de la LIA.
• Si el NNA revela haber sido víctima de un delito contra la libertad sexual, pero sus representantes legales no quieren interponer denuncia, el servicio lo pondrá en conocimiento de la Fiscalía.
• Cuando pueda resultar amenazada la integridad, la salud o la seguridad del NNA, deberán comunicarlo, de forma inmediata, a la Ertzaintza o a la Policía local, así como al Ministerio Fiscal, siempre que esa comunicación no se haya realizado previamente conforme al artículo 17.3 de la LIA.

b)    Cuando exista denuncia y se presenta en la policía:

• La policía comunicará inmediatamente al Juzgado de Guardia o a la Fiscalía y a los Servicios Sociales competentes. A su vez, los Servicios Sociales competentes derivarán el caso al servicio de atención integral y especializada para que inicie su actuación.
• No se tomará declaración a la víctima como norma, sin perjuicio de las excepciones que se hagan según el caso.
• Se debe tomar declaración a los testigos de referencia a quien el NNA haya revelado el hecho.
• Se conservarán y consignarán las fuentes de prueba indirectas que ocurran a través de los testimonios de referencia que pueda haber.

c)    Cuando exista denuncia y se presenta en la Fiscalía:

• La Fiscalía comunicará inmediatamente a los Servicios Sociales competentes, que derivarán el caso al servicio de atención integral y especializada para que inicie su actuación.
• Abrirá, en su caso, diligencias de investigación preprocesales.

d)    Cuando exista denuncia y se presenta en el Juzgado de Guardia:

• El Juzgado de Guardia comunicará inmediatamente a los Servicios Sociales competentes, que derivarán el caso al servicio de atención integral y especializada para que inicie su actuación.
• Asimismo, comunicará inmediatamente al colegio de la abogacía competente territorialmente para que designe un abogado a la víctima.

Además de lo anterior, intervendrán los servicios sanitarios activando el protocolo que corresponda en función de si se trata de:

a)    un caso urgente, esto es, con lesiones físicas que precisan de atención médica, con necesidad de instaurar tratamiento urgente, o con previsión de rastros físicos y biológicos que pudieran constituir elementos probatorios del delito -hasta 7-10 días en casos de penetración vía vaginal en púberes y hasta 72 horas, en el resto de las agresiones sexuales-, 

o 

b)    un caso no urgente, esto es, la situación de violencia sexual no es reciente (en niños y niñas prepuberales, más de 72 horas; en chicas adolescentes, más de 7-10 días), no existen manifestaciones físicas que requieran atención médica, ni necesidad de tratamiento profiláctico para infecciones de transmisión sexual, contracepción de emergencia o embarazo adolescente, o el caso llega por revelación directa del NNA pero sin indicadores físicos.