Hauek osatzen dute AFA: 

• Lau atal: (1) Jaso, Baloratu eta Orientatzeko Atala (JBOA), (2) Familiei Babesa Emateko Atala (FBEA), (3) Familia Harrera eta Adopzioetako Atala (FHAA), eta (4) Egoitza Harrerako Atala (EHA). Kasu koordinatzaileek eta administrazio langileek osatzen dute bakoitza.   
• Ataletako taldeko arduradun teknikoak.  
• Zuzendariordetza teknikoa. 

Eta, horrez gain, zeharkako eginkizunak dituen psikologo bat, administrazio orokorreko teknikari bat eta aholkularitza juridikoko zerbitzua ditu.

Atalek zorrotz beteko dituzte AFAren betebeharrak, haurren eta nerabeen arloko eskumenetatik eratorriak.